慢性肾炎主要应与下列疾病相鉴别：
1、慢性肾炎与慢性肾盂肾炎的鉴别
慢性肾盂肾炎的临床表现可类似慢性肾炎，但详细询问有泌尿系感染的病史(尤其是女性)，尿中白细胞较多，可有白细胞管型，尿细菌培养阳性，静脉肾盂造影和核肾图检查有二侧肾脏损害程度不等的表现。这些都有利于慢性肾盂肾炎的诊断。
2、慢性肾炎与狼疮性肾炎的鉴别
狼疮性肾炎的临床表现与肾脏组织学改变均与慢性肾炎相似。但系统性红斑狼疮在女性多见，且为一全身系统性疾病，可伴有发热、皮疹、关节炎等多系统受损表现。血细胞下降，免疫球蛋白增加，还可查到狼疮细胞，抗核抗体阳性，血清补体水平下降。肾脏组织学检查可见免疫复合物广泛沉着于肾小球的各部位。免疫荧光检查常呈“满堂亮”表现。
3、慢性肾炎与原发性高血压肾损害鉴别
血压持续增加的慢性肾炎应与原发性高血压伴肾损害鉴别，后者发病年龄常在40岁以后，高血压出现在尿改变之前，尿蛋白常不严重而肾小管功能损害较明显。心、脑血管及视网膜血管硬化性改变常较明显。有的慢性肾炎患者具有顽固性高血压，一般血压越高，持续时间越久，则病情越严重，预后亦不佳。而恶性高血压病多见于患有高血压病的中年人，常在短期内引起肾功能不全，故易与慢性肾炎并发高血压者相混淆。恶性高血压病的血压比慢性肾炎为高，常在29／17kP(200／130mmHg)或更高。但起病初期尿改变多不明显，尿蛋白量较少，无低蛋白血症，亦无明显水肿。因为恶性高血压病时的小动脉硬化坏死是全身性的，故常见视网膜小动脉高度缩窄，硬化伴有出血和渗血，视乳头水肿，心脏扩大，心功能不全也较明显，这些均可作鉴的依据。
4、其他原发性肾小球疾病
（1）隐匿型肾小球肾炎：临床上轻型慢性肾炎应与隐匿型肾小球肾炎相鉴别，后者主要表现为无症状性血尿和蛋白尿，无水肿、高血压和肾功能减退。
（2）感染后急性肾炎：有前驱感染工以急性发作起病的慢性肾炎需与此病相鉴别。二者的潜伏期不同，血清C3的动态变化有助鉴别；此外，疾病的转归不同，慢性肾炎无自愈倾向，呈慢性进展，可资区别。