根据临床表现，尿检查异常，不同程度浮肿，高血压及肾功能异常，临床上诊断慢性肾炎多无困难。若要确定系何种肾小球疾病或何种病理类型，需作肾穿刺活组织检查。
慢性肾炎（慢性肾小球肾炎）需与下列疾病作鉴别：
一、慢性肾盂肾炎 慢性肾盂肾炎晚期查有明显蛋白尿和高血压与慢性肾炎相似，但慢性肾盂肾炎多见于女性，病史中有泌尿系感染史，尿沉渣检查白细胞数较多，甚或有白细胞管型，如涂片能找到细菌或尿培养阳性更有助于诊断。慢性肾盂肾炎患者的肾功能损害以肾小管损害为主，尿蛋白具有肾小管性蛋白（小分子量蛋白）的特征。静脉肾盂造影，同位素肾图及肾扫描，呈两侧肾脏损害不对称，可作为鉴别诊断的重要依据。
二、原发性高血压 久病高血压亦引起肾脏损害，出现尿异常改变。但尿蛋白量常较少，罕有持续性血尿及红细胞管型。一般无贫血及低蛋白血症，如有肾功能损害，其程度也不如慢性肾炎严重。鉴别原发性高血压与慢性肾炎高血压型，病史很重要，前者高血压病史在先，而后者则先有蛋白尿，亦可行肾活组织检查鉴别。
三、与继发于全身疾病的肾损害鉴别 不少全身性疾病引起继发性肾损害，其表现似慢性肾炎。如过敏性紫癜性肾炎、糖尿病肾病、痛风性肾病、多发性骨髓瘤、感染性心内膜炎等，注意与慢性肾炎的鉴别