造成急性肾盂肾炎转慢性的原因，多数是因急性期治疗不彻底所致。由于急性期症状经治疗后，往往在短短的两三天内就消失，患者常误以为已痊愈而终止治疗。殊不知，症状消失并不等于治愈，而应当在尿液中的致病菌（多数为大肠杆菌）完全消失，且经两次复查（培养）阴性之后，方可停药。一般疗程都要在两周左右，甚至更长。
急性肾盂肾炎转慢性的另一原因是反复感染，即不注意外阴部、肛门的清洁卫生，或性生活不洁所致。
为了防止急性肾盂肾炎转慢性，就应做到：一、急性期不可因症状消失而中断治疗，应当听从医嘱，坚持治疗直至痊愈。二、讲究卫生，经常清洗外阴部及肛门，注意经期及性生活卫生，多饮水，常排尿，不要待到尿急了才排尿。三、加强体育锻炼，注意营养，增强抵抗力，以防反复感染。四、有妇科慢性炎症疾患如盆腔炎等，亦应彻底治疗，以防蔓延感染至肾盂。