在漫长的肾盂肾炎病程中，常无明显的临床症状，其主要表现是真性细菌尿，尿中仅有少量白细胞和蛋白。患者多有长期或反复发作的尿感病史，有时可出现急性尿感的症状。在晚期可有贫血及血尿素氮升高，逐渐出现肾功能衰竭的现象。并可出现形体消瘦、神疲乏力、食欲不振等消化道症状。有些患者可有高血压。
由于慢性肾盂肾炎病变心要在肾髓质和乳头部，故肾小管的功能常先受累，肾浓缩作用障碍，所以有些患者出现多尿的症状。有的患者出现尿酸化功能失常，而致继发肾小管性酸中毒。亦有的患者由于多尿失钠或丢钾过多，而演变为失钠性肾或失钾性肾。
有一些单纯性慢性肾盂肾炎患者，可以肾功能衰竭为其第一个临床表现。