急性肾盂肾炎治疗时宜尽早控制感染，却除诱发肾盂肾炎的不良因素和对症处理。
(1)控制感染 及时选用适当的抗生素，不要等待尿培养结果和药敏试验回报，以免贻误病情。一般首选对革兰氏染色阴性杆菌敏感的抗生素，因为80％的肾盂肾炎是由此类细菌引起。或以尿沉渣涂片，革兰氏染色后选择抗生素。以抗生素的抗菌谱较宽的为好。且所选用的药物在血中、尿中都有较高浓度，肾毒性低。
用药72小时无效时(症状不减轻或尿检无好转)方换其他抗生素，不宜频繁换药。
要用够疗程，一般为10—14天，或症状缓解后继用药3—5天。停药后宜随访观察，每周复查一次尿常规及尿细菌培养，6周后无脓尿及茵尿方可认为痊愈。如果疗程短，治疗不彻底，或停药后不复查，有可能复发或转为慢性，故用药足疗程和随访非常重要。
(2)却除易惑因素 如用抗生素正规治疗症状得不到改善，脓尿或菌尿不消失，应积极寻找并治疗诱发肾盂肾炎的因素——易感因素。如解决尿路梗阻，治疗慢性病，纠正代谢紊乱等。
(3)对症处理 卧床休息和高热量、高维生素饮食有助于机体恢复，重要的是给予足够的水分冲洗尿路，鼓励多饮水以保持足够的尿量。对尿急、尿频、尿痛症状明显者，可给予颠茄、阿托品等解疼剂或采取针刺疗法(取足三里、关元、中极或三阴交等穴)，以缓解尿痛及排尿困难。服碳酸氢钠碱化尿液，也有助于缓解尿痛等尿路不适。