肾盂肾炎患者，经有效抗生素治疗，一般在2～3天内症状会明显改善，若无改善，症状加重，出现持续高热、血白细胞显著增加，应考虑到并发症的出现。肾盂肾炎常见的并发症有：
①肾乳头坏死：是严重并发症之一，常发生于糖尿病或尿路梗阻的肾盂肾炎患者，可并发败血症或导致急性肾功能衰竭。
②肾周围脓肿：由严重肾盂肾炎直接扩展来，占90%，致病菌多是革兰阴性杆菌，以大肠杆菌常见，多存在在糖尿病、尿路结石等不利因素，病人常出现明显的单侧腰痛和压痛，向健侧弯腰时，疼痛加剧。治疗宜用强有力抗菌素，加强支持治疗，或切开引流。
③并发感染性结石：结石的成分以磷酸铵镁为主，这是由于变形杆菌等所含的尿素酶，可分解尿中的尿素，使尿素呈碱性，而磷酸盐在碱性尿中的溶解度明显降低，易产生沉淀而形成磷酸铵镁和磷灰石性结石。
④革兰阴性杆菌败血症：多发生于急性、严重性肾盂肾炎，表现来势凶险，突然寒战、高热、常引起休克，死亡率达50%，应积极给予强有力抗菌素，加强支持治疗。